Program Magister (S2) merupakan program pendidikan lanjutan yang diperuntukkan bagi mahasiswa yang telah menyelesaikan pendidikan awal (setara dengan sarjana S1). Mahasiswa Program Magister diharuskan untuk menyelesaikan beban kredit antara 40-50 SKS sesuai dengan departemen masing-masing dan ditempuh dengan waktu studi normal selama 4 semester (2 tahun). Beban kredit tersebut terdiri atas mata kuliah utama, mata kuliah pendukung, penelitian, dan penulisan tesis sesuai dengan kurikulum. Program Magister juga memiliki bidang kompetensi sesuai dengan fokus keahlian masing-masing. Program Magister ITS menyediakan 20 pilihan program studi yang dapat dipilih berdasarkan 6 bidang Fakultas. Fakultas Sains dan Analitika Data menyediakan 5 program studi magister. Fakultas Teknologi Industri dan Rekayasa Sistem menyediakan 5 program studi magister. Fakultas Teknik Sipil, Perencanaan dan Kebumian menyediakan 4 program studi magister. Fakultas Teknologi Kelautan menyediakan 2 program studi magister. Fakultas Teknologi Elektro dan Informatika Cerdas menyediakan 3 program studi magister. Fakultas Desain Kreatif dan Bisnis Digital menyediakan 1 program studi magister. Untuk informasi lebih lanjut tentang aplikasi dan persyaratan program magister dapat diperoleh di SMITS.
Program Magister Fisika dirancang untuk meningkatkan daya saing profesional dengan mengembangkan dan meningkatkan kemampuan di bidang ilmu fisika. Program ini menawarkan fokus pada berbagai bidang studi keahlian, termasuk Fisika Material, Fisika Teori, Fisika Medis dan Biofisika, Optoelektronika, Geofisika, serta Instrumentasi.
Program Magister Matematika bertujuan meningkatkan penguasaan ilmu dan kemampuan di bidang matematika serta aplikasinya. Program ini mencakup fokus studi dalam Analisis dan Aljabar Terapan, Pemodelan Matematika dan Simulasi, serta Ilmu Komputer untuk mendalami penerapan matematika dalam berbagai sektor.
Program Magister Statistika ini bertujuan memberikan pengalaman belajar serta penerapan ilmu statistik untuk mencapai keahlian akademik dalam bidang Statistik Produktivitas dan Kualitas. Program ini juga berfokus pada Analisis Permasalahan Bisnis dengan kontribusi yang substansial di industri, pelayanan, dan pemerintahan.
Program Magister Kimia bertujuan untuk mendidik peserta dalam mengembangkan dan memperbarui pengetahuan kimia melalui penguasaan metode ilmiah. Program ini mencakup fokus keahlian dalam Kimia Organik, Anorganik, Fisik, Analitik, serta Pengajaran Kimia, guna meningkatkan kompetensi di bidang kimia.
Program Studi Magister Biologi bertujuan mendidik dan melatih peserta untuk mengembangkan ilmu biologi dengan menguasai metode ilmiah. Fokus bidang studi meliputi Bioteknologi, Biologi Lingkungan, dan Biologi Kelautan, dengan tujuan memutakhirkan pengetahuan dan keterampilan di bidang biologi.
Program Magister Teknik Mesin bertujuan menghasilkan tenaga akademik dan profesional dengan latar belakang ilmu pengetahuan dan teknologi yang kuat serta kemampuan analisis tajam. Fokus studi meliputi Rekayasa dan Sistem Manufaktur, Rekayasa Konversi Energi, Desain Sistem Mekanikal, dan Metalurgi.
Program Magister Teknik Kimia bertujuan menghasilkan lulusan dengan kemampuan teori dan aplikasi yang kuat di bidang Teknik Kimia, terutama dalam penelitian dan perancangan. Fokus studi meliputi bidang keahlian seperti Teknologi Proses untuk mendukung pengembangan industri dan teknologi.
Program Magister Teknik Fisika ITS bertujuan menghasilkan tenaga teknik yang menguasai pengetahuan, pemahaman, dan keterampilan dalam Teknik Fisika. Fokus studi meliputi Rekayasa Instrumentasi dan Rekayasa Energi Terbarukan, untuk mendukung perkembangan teknologi di bidang tersebut.
Program Magister Teknik Industri bertujuan membentuk sarjana dengan pengetahuan dan kemampuan tinggi dalam perencanaan dan pengorganisasian sistem industri yang lebih luas dan kompleks. Fokus studi meliputi Manufacturing Systems Engineering, Rekayasa Optimasi, Logistics, Human Factor, dan Manajemen Rekayasa.
Program Magister Teknik Material dan Metalurgi menawarkan fokus keahlian di bidang Proses Metalurgi Manufaktur, Korosi dan Kegagalan Material, Material Inovasi, Ekstraksi dan Pengolahan Material, serta Pemodelan Material untuk mengembangkan keahlian di industri material dan metalurgi.
Program Magister Teknik Industri bertujuan meningkatkan pelayanan profesi melalui penelitian dan pengembangan. Fokus studi meliputi Rekayasa Geoteknik, Rekayasa Struktur, Manajemen Proyek Konstruksi, Manajemen Sumber Daya Air, Transportasi, Aset Infrastruktur, Bangunan Tinggi, Hidroinformatika, dan Jalan Rel.
Tujuan Program Pendidikan Pascasarjana Arsitektur adalah meningkatkan penguasaan ilmu untuk mengembangkan kemampuan profesional dalam arsitektur. Program Magister ini mencakup fokus studi seperti Arsitektur, Perancangan Arsitektur, dan Pendidikan Profesi Arsitektur (PPArs).
Pendidikan Program Magister Teknik Lingkungan bertujuan untuk mendidik para peserta mendalami keahlian dalam penanganan masalah lingkungan. Program ini memiliki beberapa fokus bidang studi keahlian seperti Teknik Lingkungan, Teknik Sanitasi Lingkungan, dan Manajemen Lingkungan.
Lulusan teknik geomatika diharapkan Mampu menerapkan data geospatial dan non geospasial dalam rangka analisa untuk keperluan bidang lain terutama perencanaan, monitoring dan prediksi kedepan. Program ini memiliki beberapa fokus bidang studi keahlian seperti Teknik Geomatika dan Teknik Geofisika.
Program Studi Magister Teknik Geofisika (S2) ITS dirancang untuk menghasilkan ahli geofisika dengan spesialisasi yang mendalam, fokus pada tantangan energi dan kebencanaan geologi di Indonesia. Program ini mengadopsi struktur kurikulum yang modular dan sangat aplikatif.
Program Pascasarjana Teknologi Kelautan bertujuan meningkatkan kemampuan pengembangan ilmu secara mandiri dan manajemen yang memadai, guna memanfaatkan teknologi kelautan secara efektif. Fokus studi meliputi Teknik Perancangan Bangunan Laut, Transportasi Kelautan, Produksi dan Material Kelautan, Manajemen Pantai, serta Energi Laut.
Departemen Teknik Perkapalan menyediakan Program Magister Teknik Perkapalan (PMTP) 4 semester. Berjalan sejak 1993 (MSc Link) kolaborasi FTK–University of Newcastle. PMTP menjawab kebutuhan profesional perkapalan, didukung 6 profesor, 10 doktor, ruang kuliah, 5 lab, perpustakaan, dan internet.
Teknik Sistem Perkapalan adalah program S2 unik di Indonesia yang fokus pada teknologi sistem perkapalan. Bidang studi meliputi Sistem dan Permesinan Kapal, Pembangkit dan Penggerak Kapal, Desain dan Produksi Kapal, Otomasi dan Kelistrikan, Kehandalan, Manajemen Keselamatan Laut, serta Bisnis Maritim.
Program Magister Teknik Elektro ITS bertujuan meningkatkan penguasaan ilmu dan kemampuan dalam bidang Teknik Elektro. Fokus studi meliputi Teknik Sistem Tenaga, Sistem Pengaturan, Telekomunikasi Multimedia, Elektronika, Jaringan Cerdas, Multimedia Game, dan Telematika.
Pendidikan Program Magister Teknik Informatika bertujuan untuk memberikan pengetahuan lanjut di bidang Teknik Informatika melalui pendidikan dan penelitian. Program ini memiliki beberapa fokus bidang studi keahlian seperti Teknik Informatika dan Sistem Informasi.
Pendidikan Program Magister Sistem Informasi bertujuan untuk menghasilkan tenaga teknik yang memiliki penguasaan pengetahuan, pemahaman dan keterampilan dalam bidang Sistem Informasi.
Program Magister Manajemen Teknologi bertujuan mencetak wirausahawan handal yang menguasai ilmu bisnis dan manajemen. Fokus studi meliputi Manajemen Industri, Proyek, Lingkungan Permukiman dan Industri, Teknologi Informasi, Transportasi, Bisnis Maritim, Rantai Pasok, dan Analitika Bisnis.