Program Studi S-3 Teknik Lingkungan dibuka pada tahun 2009 berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor 1250/D/T/2009 tanggal 31 Juli 2009. Program studi ini menerima mahasiswa dari lulusan S-2 Teknik Lingkungan atau bidang lain yang berkaitan. Lulusan S-1 Teknik Lingkungan dengan predikat “cum laude” dan nilai Skripsi A juga dapat masuk Program Studi S-3 Teknik Lingkungan secara langsung.