Departemen Teknik Fisika dipimpin oleh seorang kepala Departemen yang merangkap sebagai kepala program studi sarjana. Program pascasarjana diketuai oleh prodi pascasarjana. Terdapat dua sekretaris departemen, dengan pembagian tugas yakni:

Sekretaris I melingkupi bidang akademik, kemahasiswaan, penelitian, dan pengabdian pada masyarakat

Sekretaris II melingkupi bidang sumber daya keuangan, sumber daya manusia, dan sarana prasarana

Selain itu, kepala Departemen membawahi kepala subbagian departemen, yang juga bertanggung jawab kepada kepala bagian fakultas. Koordinator TKK departemen bertanggung jawab kepada sekdep I. Departemen Teknik Fisika memiliki sembilan laboratorium yang didalamnya juga mempunya stuktur organisasi tersendiri. Departemen Teknik Fisika juga dibantu oleh beberapa staf yang bertugas dalam admnistrasi Departemen