FKK ITS telah melakukan perjanjian kerjasama dengan RSUD Wahidin Sudiro Husodo Mojokerto sebagai Rumah Sakit Pendidikan Utama (RSPU). RSPU digunakan sebagai sarana pendidikan mahasiswa Program Studi Pendidikan Profesi Dokter. Melalui rumah sakit ini, mahasiswa Program Studi Pendidikan Profesi Dokter ITS akan menjalani pendidikan profesi dan berperan sebagai dokter muda/co-assistant selama 2 tahun.
FKK ITS juga telah menjalin kerjasama dengan ITS Medical Center, Rumah Sakit Basoeni Mojokerto, dan Rumah Sakit Ortopedi Prof. Dr.R.Soeharso Surakarta sebagai penunjang kegiatan akademik bagi mahasiswa Fakultas Kedokteran dan Kesehatan. Disamping itu, FKK juga bekerjasama dengan beberapa puskesmas di wilayah Jawa Timur di bawah komando Dinas Kesehatan.