Dalam menjalankan kegiatan operasionalnya, Departemen Manajemen Bisnis ITS telah membentuk struktur organisasi yang kompatibel dengan struktur organisasi ITS. Dalam pelaksanaan program studi MB ITS, Kepala Departemen dibantu oleh Sekretaris Departemen, Kepala Laboratorium yang bertanggung jawab atas kegiatan di laboratorium, Koordinator Kemahasiswaan yang berhubungan langsung dengan organisasi dan panitia kegiatan kemahasiswaan di Departemen Manajemen ITS, Koordinator Internasionalisasi yang bertanggung jawab atas internasionalisasi departemen, Koordinator Magang, Kerja Praktek, dan Skripsi yang mengatur dan bertanggung jawab atas program magang, kerja praktek, dan skripsi yang dilaksanakan oleh mahasiswa Manajemen Bisnis ITS, serta Kepala Sub Bagian yang merupakan kepala staf non-akademik yang membantu operasional jurusan.