Pada saat ini ada lima tema utama penelitian terkait bidang mikrobiologi dan bioteknologi yang bisa dilakukan di laboratorium mikrobiologi dan bioteknologi program studi Biologi ITS yaitu :

1. Kenekaragaman mikroorganisme aerob dan anaerob laut
2. Mikroorgaisme pendegradasi dari darat dan laut
3. Mikroorganisme agen bioremediasi
4. Studi Biofouling
5. Studi molekuler untuk karakterisasi mikroorganisme