Laboratorium Ekologi merupakan laboratorium yang memiliki tujuan sebagai berikut:
¨Mampu berperan sebagai pusat pendidikan berbasis laboratorium
¨Mampu berperan dalam perencanaan rehabilitasi habitat sebagai upaya konservasi sumber daya alam hayati dan ekosistemnya
¨Mampu mengembangkan dan memanfaatkan ilmu bio-ekologi yang relevan dengan tujuan pembangunan nasional dan daerah melalui penyelenggaraan kegiatan akademis dan non-akademis
¨Mampu meningkatkan produktivitas dan kualitas luaran, khususnya yang berkaitan dengan kebutuhan pembangunan dan dunia usaha
¨Memupuk dan mengembangkan kerjasama dengan sektor internal ITS dan eksternal seperti pemerintah, dunia usaha dan industri serta institusi pendidikan dan lembaga sains lainnya