Dalam melaksanakan kegiatan operasionalnya, Departemen Geomatika telah membentuk struktur organisasi yang kompatibel dengan struktur organisasi ITS. Dalam pelaksanaan program, Kepala Departemen dibantu oleh Sekretaris Departemen, Kepala dan Sekretaris Program Studi Sarjana, Koordinator Program Studi Magister, dan kepala laboratorium yang bertanggung jawab untuk kepemimpinan operasional di laboratorium dan non- Kepala Staf akademik. bantuan dalam Sumber Daya Keuangan