Dalam menjalankan kegiatan operasionalnya Departemen Sistem Informasi ITS(DIS-ITS) telah membentuk struktur organisasi yang kompatibel dengan struktur organisasi ITS. Dalam pelaksanaan program DIS-ITS, Kepala Departemen dibantu oleh Sekretaris Departemen, Kepala Program Studi sarjana (S1), Kepala Program Studi Pascasarjana (S2), Kepala Program Studi Inovasi Digital serta kepala laboratorium yang bertanggung jawab atas Kepemimpinan Operasional di Laboratorium dan Kepala staf non akademik (Kasubag TU) yang membantu dalam Sumber Daya Keuangan. Dalam melakukan kegiatan akademik, Kepala Program Sarjana (S1) berkoordinasi dengan kepala RMK (Kepala Kursus Cluster) dalam merumuskan dan mengevaluasi kurikulum. kemudian untuk stuktur organisasi sesuai dengan OTK  ITS dapat diakses melalui link berikut: http://its.id/StrukturOrganisasiITS2025