Resiko utama dalam pengelolaan organisasi kompleks seperti perguruan tinggi adalah terjadinya ketidakselarasan antar program. Misalnya, ketidakpaduan antara satu bidang dengan bidang lainnya, atau tidak adanya koordinasi antara tingkatan-tingkatan program. Sehingga antara satu program dengan lainnya seolah berjalan sendiri-sendiri, tanpa benang merah yang menghubungkan mereka untuk mencapai visi organisasi.