Dalam menjalankan kegiatan operasionalnya DTK-ITS telah membentuk struktur organisasi yang kompatibel dengan struktur organisasi ITS. Dalam pelaksanaan program DTK-ITS, Kepala Departemen dibantu oleh Sekretaris Departemen, Kepala staf non akademik (Kasubag TU) yang membantu dalam Sumber Daya Keuangan. Dalam melakukan kegiatan akademik dan operasional, Kasubag akan dibantu oleh para staf dengan fungsi staf masing-masing.