Dalam menjalankan kegiatan operasionalnya Departemen Teknik Elektro FT-EIC ITS telah membentuk struktur organisasi yang kompatibel dengan struktur organisasi ITS. Dalam pelaksanaan program Departemen Teknik Elekto FT-EIC ITS, Kepala Departemen dibantu oleh Sekretaris Departemen, Kepala Program Studi Sarjana Elektro dan Teknik Telekomunikasi, Kepala Program Pascasarjana sedangkan Kepala Laboratorium yang bertanggung jawab atas Kepemimpinan Operasional di Laboratorium dan Kepala Subbagian Departemen yang membantu dalam Sumber Daya Keuangan.