Untuk menghadapi tantangan di atas, diperlukan pengetahuan lintas dan multi disiplin. Oleh karena itu, semenjak tahun 1996 ITS telah menyelenggarakan Program Studi Magister Inovasi Sistem dan Teknologi (MIST) yang berada di bawah pengelolaan Program Pascasarjana ITS. Program pendidikan yang diselenggarakan oleh MIST-ITS berorientasi praktis, komprehensif, dan relevan dalam menyiapkan calon-calon manajer, pelaku bisnis dan industri, pemimpin dan peneliti bisnis dan industri.