Pada saat ini ada lima tema utama penelitian terkait bidang mikrobiologi dan bioteknologi yang bisa dilakukan di laboratorium mikrobiologi dan bioteknologi program studi Biologi ITS yaitu :
Kenekaragaman mikroorganisme aerob dan anaerob laut
Mikroorgaisme pendegradasi dari darat dan laut
Mikroorganisme agen bioremediasi
Studi Biofouling
Studi molekuler untuk karakterisasi mikroorganisme
