Gelar doktor merupakan gelar akademik tertinggi yang dapat dicapai di suatu perguruan tinggi yang mempunyai program pascasarjana. Di ITS, gelar tersebut diberikan setelah peserta pendidikan program dojtor berhasil memenuhi persyaratan kuliah, ujian prakualifikasi, mengikuti mata kuliah wajib 6 sks, mata kuliah pilihan 9 sks, sehingga total keseluruhan 12 sks, dan 28 sks aktifitas penelitian dan penulisan disertasi sebagai kompetensi utama Beban studi program doktor bagi peserta yang berpendidikan magister (S2) sebidang sekurang-kurangnya 42 SKS yang dijadwalkan untuk enam semester dan dapat ditempuh sekurang-kurangnya dari enam semester.

Berdasarkan SK Mendikbud tentang Kependidikan 232/2000 dan SK Rektor No. 073255/2004, beban studi untuk Program Doktor paling sedikit adalah 6 (enam) semester dengan lama studi selama-lamanya sepuluh semester setelah menyelesaikan program magister yang serumpun; sebelas semester setelah menyelesaikan program magister yang bidang studi asalnya tidak serumpun; dua belas semester setelah menyelesaikan program sarjana yang serumpun. Beban studi program doktor bagi peserta yang berpendidikan magister (S2) di luar bidang teknik sistem perkapalan, diwajibkan mengambil mata kuliah tambahan 9 sks dari mata kuliah Magister atau mata kuliah Doktor yang ditawarkan.

Penentuan sebidang atau tidaknya didasari oleh kesamaan kurikulum dengan Program Studi Doktor Teknik Sistem Perkapalan. Mahasiswa program doktor dinyatakan lulus apabila telah berhasil menyelesaikan seluruh beban studi sebanyak 42 sks di program doktor termasuk disertasi, mempunyai IP = 3,0 dengan nilai ujian setiap mata kuliah sekurang-kurangnya B; mempunyai publikasi ilmiah sekurangkurangnya 1 jurnal internasional terindeks dan 1 jurnal nasional terakreditasi, atau 2 jurnal internasional terindeks, dan memenuhi persyaratan nilai minimum salah satu bahasa asing. Ujian kualifikasi mahasiswa peserta Program Doktor terdiri dari ujian tulis penguasaan materi bidang dan ujian lisan rancangan usulan penelitian. Ujian ini merupakan salah satusyarat penting yang harus dipenuhi. Untuk menjamin agar ujian kualifikasi ini mampumenghasilkan suatu penilaian yang representatif, maka ditentukan persyaratan persyaratan mutu seperti dibawah ini.

• Peserta program doktor telah menyelesaikan perkuliahan yang wajib ditempuh dan lulus setiap mata kuliah dengan nilai minimal B.
• Peserta program doktor telah menyusun usulan penelitian sesuai dengan baku mutu disertasi dengan dibimbing oleh tim pembimbing.
• Menyerahkan lembar persetujuan ujian kualifikasi dari Tim Pembimbing
• Pelaksanaan ujian kualifikasi program doktor telah mendapat persetujuan tertulis dari Ketua Program Studi Doktor Teknik Sistem Perkapalan.

• Ujian diselenggarakan dengan melibatkan tim penguji yang terdiri dari tim pembimbing, dan dosen penguji dari dalam dan luar ITS
• Ujian difokuskan pada usaha melihat kemampuan mahasiswa dalam: i. Bidang keilmuan, baik yang bersifat dasar maupun kekhususan. ii. Penguasaan teknologi penelitian dibidang ilmu terkait. iii. Kemampuan penalaran termasuk kemampuan mengadakan abstraksi. iv. Kemampuan sistematisasi dan perumusan hasil pemikiran.
• Predikat kelulusan bisa diberikan kepada mahasiswa yang berhasil dalam ujian kualifikasi doktor dengan nilai minimal B.